debsums は、各 .deb パッケージが入れたファイルを、そのパッケージ自身が宣言しているチェックサムと突き合わせます。AIDE があなたの写し以降に何か変わったかを問うのに対し、debsums はもっと鋭い問いを立てます。この実行ファイルは、ディストリビューションが配ったものといまだ一致しているのか。システムパッケージの内側で変わっているファイルは、何かがおかしいというより明白な合図のひとつです。
このページは食い違いのあるパッケージと、その中の具体的なファイルを並べます。書き換えられた実行ファイルと、編集された設定ファイルとを、ひと目で見分けられるようにするためです。
正当な検出も出てくると見込んでください。/etc の下の設定ファイルは編集されるためにあり、何かを設定した途端に変更済みとして現れます。ふつう濾し取られるのはそのためです。パッケージによっては導入後に生成され、決して一致しないファイルもあります。目を留めるべきは /usr/bin、/usr/sbin、/bin の実行ファイルと共有ライブラリです。手で書き換えていないサーバーで、それらが違っている理由はひとつもありません。