debsums сверяет файлы, установленные каждым пакетом .deb, с контрольными суммами, которые объявляет сам пакет. Там, где AIDE спрашивает, изменилось ли что-нибудь с момента вашего слепка, debsums ставит вопрос острее: соответствует ли этот бинарник до сих пор тому, что поставил дистрибутив? Изменённый файл внутри системного пакета — один из самых внятных сигналов, что что-то не так.
Эта страница перечисляет пакеты с расхождениями и конкретные файлы внутри них, так что переписанный бинарник отличается от отредактированного конфига с одного взгляда.
Рассчитывайте на законные находки. Конфигурационные файлы под /etc сделаны для правки и покажутся изменёнными, едва вы что-нибудь настроите, — потому их обычно отфильтровывают. Некоторые пакеты вдобавок создают после установки файлы, которые никогда не совпадут. Внимания заслуживают исполняемые файлы в /usr/bin, /usr/sbin и /bin, а также разделяемые библиотеки: ни у одного из них нет оснований отличаться на сервере, который вы не правили руками.